AJPEE fonctionne sur une approche organisationnelle et s’appuyant des valeurs communautaires où les bénéficiaires sont au centre de toute action de développement. Elle comprend :

• Une Assemblée Générale qui est l’instance suprême et regroupe tous les membres actifs de l’association,
• Un Bureau exécutif qui est chargé des affaires administratives, financières et de l’exécution des programmes,
• Des Comités de gestion de projet villageois chargés de la mise en oeuvre des programmes dans les villages d’intervention de l’association.
• Les organes sont appuyés par une équipe technique (permanents et contractuels) et de bénévoles qui travaillent en étroite collaboration avec les partenaires financiers et les services techniques de l’Etat.